Špeciálna základná škola v Gelnici je integrálnou súčasťou SŠI v Prakovciach. Špeciálna základná škola sídli v okresnom meste Gelnica, v súčasnej dobe vzdeláva 67 žiakov v deviatich  triedach  vo všetkých variantoch. Okrem mentálneho postihnutia, niektorí žiaci školy majú aj pridružené zmyslové postihnutia, telesné postihnutia, narušenú komunikačnú schopnosť, pervazívnu poruchu. V škole pracuje okrem zástupcu riaditeľa deväť pedagogických zamestnancov, jedna asistentka a dvaja nepedagogickí zamestnanci.

Cieľom je výchova a vzdelávanie v slobodnej spoločnosti, výchova k demokratickému občianstvu s dôrazom na individualitu osobnosti. Dôraz sa kladie na rozvoj schopností, zručností a postojovú orientáciu žiaka tak, aby sa pripravil na praktický život a mohol sa prirodzene integrovať do spoločnosti.

Prioritou pri integrácii žiakov do bežného i profesionálneho života s ohľadom na druh  a stupeň postihnutia je snaha o získanie určitej  miery sebaobslužných činností, až  profesijnej prípravy pre budúce povolanie , ktoré bude korešpondovať s požiadavkami regionálneho pracovného trhu.

V škole sa vzdelávajú žiaci z regiónu okresu Gelnica. Najviac žiakov pochádza z mesta Gelnica a z obce Žakarovce. Žiakmi školy sú aj niektorí  chovanci Domova sociálnych služieb v Prakovciach a Detského domova Žakarovce.  V škole sa vzdelávajú  žiaci v troch variantoch A,B,C. Počet žiakov v posledných troch rokoch je stabilný. Aj napriek nepriaznivej demografickej krivke na území nášho regiónu, sa počet žiakov v  škole nemení, naopak, pribúda v nej počet ťažko mentálne postihnutých žiakov, ktorí v minulosti neboli zaradení v žiadnom školskom zariadení.