V Diagnostickom centre sú v rámci vzdelávania zriadené dve diagnostické triedy. Rozdelenie podľa ukončeného vzdelania a aktuálnej vedomostnej úrovne je nasledovné:

Prvá diagnostická trieda - sem sa zaraďujú žiaci s ukončeným vzdelaním 5. -9. roč. ZŠ, ŠZŠ.

Druhá diagnostická trieda – je určená pre žiakov OU, SOU a žiakov navštevujúcich iný typ strednej školy.

Chlapci s ukončenou povinnou školskou dochádzkou alebo žiaci vylúčení z kmeňových škôl sú v dopoludňajších hodinách zaradení do pracovnej skupiny .

V diagnostických triedach sa realizuje diagnosticko - vyučovací proces, ktorý má oproti vyučovaniu v bežných školách špecifické znaky. Modifikácia vyučovania je daná jeho cieľom, aktuálnou úrovňou vzdelania a vývinu osobnosti žiaka, dĺžkou pobytu v DC.

Žiaci navštevujúci ZŠ a ŠZŠ sa učia podľa príslušných vzdelávacích programov, alebo individuálnych plánov, vystavených ich kmeňovou školou. Pri odchode z DC je žiakovi vystavený návrh známok.

Žiaci navštevujúci OU, SOU, iný typ strednej školy sa vzdelávajú podľa individuálneho vzdelávacieho plánu, vytvoreného kmeňovou školou. Pokiaľ žiak prejavuje snahu a systematicky pracuje na vyučovaní, môže sa zúčastniť konzultácií k jednotlivým predmetom a následného preskúšania z predmetov odborných vo svojej kmeňovej škole.

Zariadenie nemá telocvičňu, po dohode s miestnou ZŠ v Záhorskej Bystrici môžu naši chlapci využívať telocvičňu a aj priľahlé ihriská tejto školy v dopoludňajších a aj popoludňajších hodinách.