V roku 1950 bola založená jednotriedna Osobitná škola v Holíči. Prvé vyučovanie začalo 18. septembra 1950 v priestoroch bývalého živnostenského spoločenstva. Škola bola jednotriedna s počtom 17 žiakov a pôsobil v nej učiteľ i riaditeľ v jednej osobe pán Pavol Magát. Pod názvom Osobitná škola bola vedená až do roku 2000, kedy sa zmenil jej názov na Špeciálnu základnú školu v Holíči. Od 1.1. 1997 prešla Špeciálna základná škola na právnu subjektivitu. Zriaďovateľom Špeciálnej základnej školy Holíč je Krajský školský úrad, Vajanského 2, Trnava.
Do roku 1976 často škola menila svoje miesto pôsobenia. Pôsobila napríklad v dome na Kollárovej ulici, v kultúrnom dome, v zámku. Až v roku 1976 bol daný do užívania školy rodinný dom na Kátovskej ulici. V roku 1983 pribudla k hlavnej budove školy prístavba, pretože pribúdali počty žiakov a tried a bolo potrebné rozšíriť priestory školy. Špeciálna základná škola pôsobila na Kátovskej ulici až do 31. augusta. 2011. Od 1. septembra 2011 sa škola nachádza na Kollárovej ulici v úplne nových priestoroch, ktoré patria SMM v Holíči.
V súčasnosti má škola 84 žiakov, 10 tried, z toho tri triedy variantu C v elokovanom pracovisku v Skalici pri Detskom domove a 1 oddelenie ŠKD. V škole pôsobí 14 zamestnancov. 12 je pedagogických a 2 nepedagogickí. Škola je vnútorne diferencovaná na varianty A, B, C. V A variante sú začlenení žiaci s intelektom v pásme ľahkého mentálneho postihnutia. B variant Špeciálnej základnej školy navštevujú žiaci s intelektom v strednom pásme mentálneho postihnutia. Do C variantu sú začlenení žiaci s ťažkým viacnásobným postihnutím.
Vzhľadom na zloženie a postihnutie žiakov našej školy je potrebné sa predovšetkým zamerať na všestranný rozvoj osobnosti každého žiaka a poskytnúť mu primerané vzdelanie vzhľadom k jeho postihnutiu. Jednou z priorít výchovno-vzdelávacieho procesu v našej škole je príprava žiakov na budúce povolanie, viesť ich k manuálnej zručnosti a vypestovať kladný vzťah k práci. Nie je pre nás nič krajšie, ako keď sa s nami i po rokoch prídu podeliť bývalí žiaci o svoje radosti a úspešné uplatnenie v živote.