Históriu školy začali písať v roku 1984. Zriaďovateľom školy bol Okresný národný výbor - odbor školstva v Spišskej Novej Vsi. Prvým riaditeľom bol Ladislav Novotný a zároveň bol aj jedným z dvoch triednych učiteľov. Druhým triednym učiteľom bola Mária Podolská. Pomôcť rozbehnúť školu pre mentálne postihnuté deti, ktoré potrebovali špeciálny prístup k vzdelávaniu, sa podujala aj Erika Novotná a to individuálnou logopedickou starostlivosťou. Kronika školy uvádza, že jediným inventárom bola okrúhla a dve obdĺžnikové pečiatky, ktoré dala vyhotoviť základná škola. Ceruzky pre prvých 29 žiakov kúpil riaditeľ z vlastného vrecka. Tím pedagógov v skromných podmienkach ukázal cestu,ktorá sa stala východiskom pre dlhoročnú históriu školy.

Škola doteraz vychovala tisíce žiakov, z ktorých sa niekoľko najšikovnejších dostalo vďaka obetavosti učiteľov i ambíciám až na odborné učilištia. Aj keď sa to javí ako bežná vec, predsa len vzdelávanie žiakov so špeciálno-pedagogickými potrebami je oveľa náročnejšie a výsledky sa dostavia až po dlhom čase a pri oveľa väčšom úsilí učiteľa a žiaka.

Hovorí sa, že byť učiteľom nie je povolanie ale poslanie a o to viac to platí v špeciálnej škole. Tu totiž nejde iba o to, naučiť deti čítať, písať a počítať, ale viesť ich aj k základným hygienickým a sociálnym návykom. Naučiť ich, že umyť si ruky, či spláchnuť toaletu je prirodzená vec.

V školskej kronike nájdete množstvo zápiskov, ktoré hovoria o všetkých učiteľoch, ktorí vzdelávali ale aj vychovávali, či viedli deti k športu, umeniu, k manuálnym zručnostiam alebo k takej základnej veci ako je vyjadrovanie sa v slovenskom jazyku.

Špeciálna základná škola v Markušovciach prešla aj rôznymi fázami vývoja. Od skromných prenajatých, postupne až k vlastným priestorom. Začínala ako osobitná škola v budove na Karolovci. Rokmi deti pribúdali natoľko, že kapacita prenajatých priestorov nepostačovala a učilo sa na dve smeny. Pritom bolo nevyhnutné neustále investovať do cudzieho majetku. Asi najdramatickejšie obdobie zažili zamestnanci aj žiaci v roku 2009 po tom, ako dostala škola po 10 rokoch výpoveď z nájmu z obecnej budovy materskej školy. Po pol druha roku úsilia zo strany riaditeľa, krajského školského úradu i ministerstva sa podarilo konečne získať vlastné nové priestory. Po rozsiahlej rekonštrukcii sa mohla do svojho presťahovať administratíva aj prvých 5 tried.

Od 1.januára 2000 došlo k zmene zriaďovateľa školy. Novým zriaďovateľom sa stal Krajský úrad v Košiciach. V septembri tohto roku došlo aj k zmene názvu školy na Špeciálna základná škola v Markušovciach.

V roku 2000-2001 sa vo výučbe na špeciálnej škole zaviedli prípravné ročníky. V tom istom roku sa rodičia a verejnosť mohli po prvý raz pozrieť na to ako sa učia ich deti. V roku 2003 bola škola vybavená výpočtovou technikou. Následne o dva roky začali na škole pôsobiť asistenti učiteľa.