Začiatky Osobitnej školy Veľká Lomnica sa spájajú s 1. septembrom 1979, kedy bola zriadená pri Základnej škole Veľká Lomnica prvá trieda osobitnej školy. Pre nedostatok miesta v ZŠ bola umiestnená v budove Materskej školy.
Prvým učiteľom bol Mgr. Jozef Martinovič - špeciálny pedagóg a vychovávateľkou bola Viera Antalová. V školskom roku 1980/1981 boli zriadené dve triedy, v ktorých vyučovali Mgr. Martinovič a Mária Babjaková. Triedy prešli pod riaditeľstvo Osobitnej školy v Poprade. Začalo sa vyučovať podľa plánov OŠ. K 1. septembru 1987 bolo Uznesením Rady ONV v Poprade zriadené samostatné riaditeľstvo OŠ vo Veľkej Lomnici. Štyri triedy boli vo Veľkej Lomnici a dve triedy v Huncovciach. Riaditeľkou sa stala Jarmila Pavlíková. V školskom roku 1988/1989 ju vo funkcii vystriedal Mgr. J. Martinovič, ktorý zastával tento post až do dôchodkového veku.
1. júla 1996 bola do funkcie riaditeľky menovaná PaedDr. Alena Troppová. V roku 1991 Školská správa v Poprade pridelila škole budovu po bývalých jasliach a Obecný úrad Huncovce budovu po bývalej MŠ pre elokované triedy.
Škola sa 1. januára 1997 stala samostatnou rozpočtovou organizáciou s právnou subjektivitou. 1. septembra 2000 došlo ku zmene názvu z osobitnej školy na špeciálnu základnú školu.
V školskom roku 2007/2008 bolo pri ŠZŠ zriadené Odborné učilište Veľká Lomnica s učebnými odbormi krajčírka - odevná konfekcia a bielizeň, stavebná výroba - murárske práce.
Novodobá história škola sa začala písať 01. januára 2008, kedy bola do siete škôl a školských zariadení zaradená SPOJENÁ ŠKOLA, ŽELEZNIČNÁ 115, VEĽKÁ LOMNICA.
Zriaďovateľom školy je od 1.10.2013 OKRESNÝ ÚRAD PREŠOV, NÁMESTIE MIERU 3, Prešov.

ORGANIZAČNÝMI ZLOŽKAMI školy sú:

• Špeciálna základná škola, Železničná 115, Veľká Lomnica
• Odborné učilište, Železničná 115, Veľká Lomnica